Après des études en sociologie et une formation d’acteur auprès de Pierre Romans, il fonde sa compagnie avec laquelle il met en scène Méphisto d'après Klaus Mann et Ariane Mnouchkine au festival d'Avignon, Lover's comment de Gérard Watkins, La double inconstance de Marivaux, Baal de Brecht, Dissident, il va sans dire de Michel Vinaver, Vague(s) à l'âme d'après L'éveil du printemps de Frank Wedekind, Les enfants d'Edward Bond, Je rien Te deum de Fabrice Melquiot, Sweet home d’après le roman d’Arnaud Cathrine au théâtre de la Tempête et à la Comédie de Reims, La Coupe et les lèvres d’Alfred de Musset au théâtre de la Tempête, Fragments d’un pays lointain de Jean-Luc Lagarce au théâtre de la Tempête, La Nuit juste avant les forêts de Bernard-Marie Koltès. La Compagnie Jean-Pierre Garnier a été compagnie associée à la Comédie de Reims de 2007 à 2009.

Il a dirigé Emmanuelle Devos, Jeanne Balibar, Eric Ruf, Thibault de Montalembert, Gérard Watkins, Valérie Dashwood, Thierry de Peretti, Audrey Tautou, Xavier Gallais, Guillaume Gallienne ...

Jean-Pierre Garnier enseigne au Cours Florent où il dirige la Classe Libre depuis 1999. II y met en scène Tchekhov, Koltès, Wyspianski, Wedekind, Homère, Kleist, Maeterlinck, Musset, Büchner, Ibsen, Claudel et Dostoïevski. II a été responsable pédagogique de l'école de la Comédie de Reims de 2003 à 2010. Il a dirigé des stages à l’École de la Comédie de Saint-Etienne ainsi qu'au Conservatoire National d'Art Dramatique de Paris. Il a enseigné également au Conservatoire d'Art dramatique de Cracovie et à la Hochschule de Hambourg.